As diferentes escalas espaciais e abordagens de investigação do inctAmbTropic II inclui vários Grupos de Trabalho (GTs). Estes GTs  investigarão aspectos específicos dentro de cada uma destas escalas espaciais. A escolha dos temas dos Grupos de Trabalho e suas áreas específicas de investigação foram balizadas pelos seguintes princípios: 

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(i) contemplar a heterogeneidade espacial e temporal nas suas três escalas principais de investigação, privilegiando gradientes fisico-químicos e dinâmicos (ondas, marés, CO2, circulação etc) e ambientes marinhos intrinsecamente associados à região tropical do Brasil, tais como recifes de corais, manguezais, recursos vivos, ilhas oceânicas, processos oceânicos etc., 

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(ii) construir sobre a experiência dos grupos de pesquisa locais,

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(iii) concentrar os esforços dos GTs em areas geográficas comuns, não só para minimizar custos, como  também estimular a sinergia entre os GTs, e 

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(iv) avaliação de recursos naturais (vivos e não vivos) específicos da região.

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